Storia
Nel 1158 Federico I (Barbarossa) elevò la chiesa di Santa Maria a Pievania nel 1163 e la mise sotto la giurisdizione di Perugia insieme con l'Ospedale. Infatti, nei documenti appare sempre citato come Hospitalis Furtigani e Spedale de Fontignano, per significare che la comunità sorse intorno ad un antico luogo dove venivano ospitati viandanti e malati. Il Barbarossa lo riconfermò lo riconfermò al vescovo Giovanni e all'arciprete Bertraimo.
Dai rilievi catastali emerge che nel 1282 era classificato come villa, come nel 1363 quando, Marinello di Adriano incaricato dal comune di Perugia di descrivere il sistema viario del contado, lo chiama villa Hospitalis Fontignani. Soltanto a partire dal 1380 assunse la denominazione di castrum.
Nel 1361 ospitò alcuni congiurati perugini autori del complotto aristocratico, sfuggiti all'arresto, che da Fontignano iniziarono a molestare le ville e i castelli del contado; contro di loro Perugia assoldò la Compagnia del Cappelletto o Compagnia Nera che assaltò il villaggio il 17 maggio 1363.
Nel 1387 il castello venne depredato dai Michelotti, fuorusciti da Perugia, e da Guglielmo di Carlo Fiumi di Assisi; nel 1388 fu incendiato dai bretoni, milizie al soldo dell'antipapa Clemente VII (1378-94), capitanati da Bernardo I della Sala, Guido da Siena e Averardo Tedesco, che stavano fuggendo inseguiti da Boldrino Panieri da Panicale e Azzo da Castello suo fedele alleato; dopo il misfatto si riversarono su Castiglion Fosco che offrì una strenua resistenza.
Nel 1402 vi sostarono truppe fiorentine, papali e braccesche. Nel 1503 vi pose l'accampamento Cesare Borgia, diretto verso Perugia; un contingente di armati provenienti dal castello tentò di saccheggiare Panicale, senza esito, per cui si videro costretti a sfogare la loro furia nella campagne circostanti, dove fecero numerose vittime tra gli inermi contadini.
La comunità, appartenente al contado di porta Santa Susanna, nel 1438 contava circa 250 abitanti che salirono a 380 nel 1501.
Nel gennaio 1508 Matteo Balducci di Fontignano fu testimone di un atto notarile del pittore Bernardino di Betto detto Il Pinturicchio (1454-1513).
Nel 1523 vi morì di peste il celebre pittore Pietro Vannucci (nato a Città della Pieve intorno al 1445), detto Il Perugino, lasciando incompita l'ultima opera, la Natività che si trovava sopra l'arco di accesso della tribuna nell'oratorio della confraternita dell'Annunziata di Fontignano ed ora al Victoria and Albert Museum di Londra.
Nel 1843 Nazzareno Bonomi, vicario generale dei Paolotti Minimi di Santo Spirito di Perugia, proprietario dell'affresco, lo fece staccare da Pellegrino Succi; nel 1862 venne acquistato da W.B. Spence presso il signor Morettini di Perugia e trasferito a Londra. Facevano parte dell'affresco anche due immagini di santi, Rocco e Sebastiano, i quali veduti dal Conte Carlo (nato nel 1809) secondogenito di Giovanni Maria III Della Porta di Gubbio, ma di essi non è stata più trovata traccia.
Nel 1813 vi nacque Giovanni Caproni, architetto e disegnatore, attivo nel comprensorio del Trasimeno, al quale si devono la Villa Bonaparte a Laviano (1854), dimora di Maria Valentini Bonaparte, la cupola del Santuario della Madonna della Carraia a Panicarola (1856) e il Teatro Caporali di Panicale (1858).
Sopra un colle a 500 metri slm si possono ancora osservare i resti del castello con il mastio, parte della cinta muraria e due torri, una quadrata e l'altra circolare.