La Chiesa di Santa Maria e San Leonardo oggi rappresenta il fulcro della vita religiosa di Fontignano; questa è infatti la Chiesa in cui vengono svolte tutte le attività religiose parrocchiali. La Chiesa si trova al centro del paese, in Piazza Pietro Perugino. La Chiesa di Santa Maria e San Leonardo di Fontignano ha inoltre la particolarità di appartenere alle Chiese Leonine.
Le Chiese Leonine sono conosciute come gli oltre cinquanta edifici realizzati o completamente ristrutturati negli anni tra il 1846 e i 1878 per il volere dell'allora arcivescovo di Perugia Vincenzo Gioacchino Pecci, futuro papa Leone XIII. La dicitura indica i 54 edifici citati dall'opera dello stesso Pecci "Relatione ad limina" dove venivano indicate le Chiese dell'Arcidiocesi in costruzione o in corso di ristrutturazione globale. Gli edifici sono disseminati nell'attuale territorio dell'Arcidiocesi di Perugia-Città della Pieve e in particolare nel comprensorio compreso tra Perugia, Marsciano e Castiglione del Lago. Le Chiese Leonine presentano dei tratti stilistici omogenei: presentano un'architettura neromanica o neogotica che si percepisce dalla pianta della Chiesa (croce greca o latina) e dal prospetto (spesso a capanna semplice o a salienti). Vennero usati per la costruzione o il restauro di queste Chiese numerosi elementi ornamentali e costitutivi di laterizio e non è un caso che queste Chiese siano diffuse in quella che oggi viene chiamata "Via del Laterizio" nel marscianese. L'omogeneità stilistica utilizzata nelle Chiese descritte da Pecci fu assicurato dalla squadra di architetti perugini, fiduciari dell'arcivescovo, tra i quali spiccavano Nazzareno Biscarini, Guglielmo Calderini, e Giovanni Caproni, architetto di nota fama a Perugia, che progettò anche il campanile in cotto che oggi contraddistingue Fontignano.
Nei più antichi documenti riguardanti il paese di Fontignano viene citato questo edificio sotto il nome di Hospitalis Furtigani o Spedale de Fontignano, La struttura , esistente fin dal 1100, era ben nota a quei Perugini che si mettevano in cammino per raggiungere Città della Pieve o che erano diretti verso le sponde del Lago Trasimeno; la posizione dell'Hospitale era infatti di assoluta importanza sulla direttrice che collegava Perugia con il territorio toscano. L'Hospitale rappresentava per i viandanti un fondamentale punto di riferimento dove poter trovare ospitalità.
Nei rapporti sulle Visite Pastorali effettuate dai Vescovi di Perugia alle parrocchie della Diocesi, l’Hospitale viene più volte citato proprio per la sua funzione ricettiva.
Oggi il complesso edilizio dell'antico Hospitale è in fase di ristrutturazione e ne è stata variata la destinazione d’uso.
Il Castello di Fontignano, di cui rimangono solo parte della cinta muraria e delle torri, fu fortificato in età medievale sulla vetta di una dolce e sinuosa collina ai piedi della quale oggi si sviluppa l'intera frazione del Comune di Perugia. Poche sono le notizie del Castello giunte fino ai giorni nostri; però è certo che Federico Barbarossa trascorse qui alcuni anni e fece elevare la Chiesa di Santa Maria a pievania e la pose sotto la giurisdizione di Perugia insieme all'Hospitale. Nel 1361 ospitò alcuni congiurati perugini autori di un complotto aristocratico e sfuggiti all'arresto; questi molestarono ville e castelli del contado fino a quando Perugia inviò la Compagnia del Cappelletto per frenare la distruzione. Il Castello fu depredato nel 1387 dai Michelotti fuoriusciti da Perugia e da Guglielmo di Carlo Fiumi di Assisi; nel 1388 fu anche incendiato da Bernardino I della Sala, Guido da Siena e Avverando Tedesco. Nel 1402 si accamparono proprio nel Castello di Fontignano truppe fiorentine, papali e di Braccio Fortebraccio da Montone.
Nel XIV secolo la comunità di Fontignano era considerata appartenente al contado di Porta Santa Susanna, ma la revisione mappale effettuata da Francesco Cacciavillani tra il 1817 e il 1818 per illustrare la monumentale opera, inedita, di Annibale Mariotti (Memorie istoriche de Castelli e Ville del Territorio di Perugia, fine secolo XVIII) ha collocato definitivamente Fontignano nel Contado di Porta Eburnea.
